Cuantificación de la expresión del gen amo-A en poblaciones bacterianas y archaeales presentes en muestras de suelos de un lote arrocero caracterizado por ambientes

El ciclo del nitrógeno representa uno de los procesos biogeoquímicos más importantes para los ecosistemas terrestres y acuáticos. Las comunidades microbianas desempeñan un papel crucial en los procesos de transformación del nitrógeno en el suelo, ya que participan en diversas etapas como la nitrificación, de gran importancia para la producción agrícola. Dentro de los marcadores moleculares más utilizados para evaluar la actividad de poblaciones microbianas oxidantes de amonio se han considerado ampliamente los genes que codifican enzimas claves como la subunidad A de la actividad amonio monooxigenasa (AMO). Sin embargo, no se comprende completamente si la expresión de esta enzima tiene relación directa con el rendimiento de los cultivos. En este contexto, se evaluó la expresión del gen amo-A de comunidades bacterianas y archaeales presentes en un lote arrocero previamente caracterizado por ambientes. Para cuantificar la abundancia de arqueas y bacterias oxidantes de amonio, (AOA y AOB, respectivamente) se emplearon las técnicas de PCR en tiempo real (RT-qPCR) y PCR digital (RT-dPCR). En este trabajo se encontró a través del análisis de datos metagenómicos que hubo una mayor presencia de AOB en las muestras de suelo rizosférico mientras que las AOA fueron predominantes en las muestras de suelo de soporte "bulk", sin embargo, no se detectó la expresión del gen amo-A asociada a la comunidad de bacterias en las muestras de suelo analizadas. Por otra parte, no se presentaron diferencias entre los transcritos del gen amo-A asociados a la comunidad de AOA de los ambientes caracterizados. Además, la expresión de transcritos no estuvo relacionada con alguna de las propiedades químicas evaluadas. Finalmente, las estrategias de cuantificación para RT-qPCR (plásmido y templete) resultaron ser homólogas y funcionales para identificar la expresión del gen amo-A de AOA, mientras que la técnica de RT-dPCR fue más precisa para el análisis de la comunidad de AOB y AOA.

The nitrogen cycle represents one the most important biogeochemical process for terrestrial and aquatic ecosystems. Microbial communities play a crucial role in the processes of transformation of soil nitrogen in the, since they participate in various stages such as nitrification, which is of great importance for agricultural production. Among the most used molecular markers to assess ammonium oxidizing microbial populations activity have been considered widely the genes encoding key enzymes such as ammonium monooxygenase (AMO) subunit A. However, it is not fully understood whether the expression of this enzyme is directly related to the crop yield. In this context, this research work evaluated the expression of the amo-A gene of bacterial and archaeal communities present in a rice field previously characterized by environments. Real-time PCR (RT-qPCR) and digital PCR (RT-dPCR) techniques were used to quantify the abundance of archaea and ammonium-oxidizing bacteria (AOA and AOB, respectively). In this work it was found that in the analysis of metagenomic data there was a greater presence of AOB in rhizospheric soil samples while AOA were predominant in bulk soil samples, however, the expression of the amo-A gene was not detected. associated with the community of bacteria in the soil samples analyzed. On the other hand, it was found that the transcripts of the amo-A gene of the AOA community did not present differences between the characterized environments. Furthermore, the expression of transcripts is not related to any of the chemical properties evaluated. Finally, the quantification strategies for RT-qPCR (plasmid and quenching) turned out to be homologous and functional to identify the expression of the AOA amo-A gene, while the RT-dPCR technique was more precise for the analysis of the community of AOB and AOA.

Método LAMP como alternativa diagnostica para la detección del virus SARS-CoV-2 / LAMP method as a diagnostic alternative for the detection of the SARS-CoV-2 virus / Método LAMP como alternativa de diagnóstico para a detecção do vírus SARS-CoV-2

RESUMEN Introducción: el coronavirus SARS-CoV-2, causante de la enfermedad COVID-19 se ha convertido en un problema de salud pública mundial que requiere la implemen-tación de pruebas de diagnóstico rápidas y sensibles. Objetivo: evaluar y comparar el límite de detección del método LAMP con respecto al método estándar y aplicar el método RT-LAMP para el diagnóstico de SARS-CoV-2 en muestras clínicas de pacientes colombianos. Métodos: se realizó un estudio descriptivo y transversal, analizando un total de 25 muestras de hisopado nasofaríngeo incluyendo muestras negativas y positivas para SARS-CoV-2, a través del método RT-LAMP comparado con el método estándar RT-qPCR. Resultados: el método LAMP detectó ~18 copias del gen N, en 30 min, demostrando un límite de detección similar al obtenido con el método estándar, en un menor tiempo y una concordancia en RT-LAMP del 100 % con los resultados. Conclusiones: RT-LAMP es un método sensible, específico y rápido que puede ser empleado para el diagnóstico de la enfermedad COVID-19.

SUMMARY Introduction: The SARS-CoV-2 coronavirus, that causes the COVID-19 disease, has become a global public health problem that requires the implementation of rapid and sensitive diagnostic tests. Aim: To evaluate and compare the sensitivity of LAMP assay to a standard method and use RT-LAMP for the diagnosis of SARS-CoV-2 in clinical samples from Colombian patients. Methods: A descriptive and cross-sectional study was conducted. A total of 25 nasopharyngeal swab samples including negative and positive samples for SARS-CoV-2 were analyzed, through the RT-LAMP method compared to the RT-qPCR assay. Results: LAMP method detected ~18 copies of the N gene, in 30 min, evidenced a detection limit similar to the standard method, in a shorter time and a concordance in RT-LAMP of 100% with the results. Conclusions: RT-LAMP is a sensitive, specific, and rapid method that can be used as a diagnostic aid of COVID-19 disease.

RESUMO Introdução: o coronavírus SARS-CoV-2, causador da doença de COVID-19, tornou-se um problema de saúde pública global que requer a implementação de testes diagnósticos rápidos e sensíveis. Objetivo: avaliar e comparar o limite de detecção do método LAMP em relação ao método padrão e aplicar o método RT-LAMP para o diagnóstico de SARS-CoV-2 em amostras clínicas de pacientes colombianos. Métodos: foi realizado um estudo descritivo e transversal, analisando um total de 25 amostras de hissopado nasofaríngeo, incluindo amostras negativas e positivas para SARS-CoV-2, pelo método RT-LAMP em comparação ao método RT-qPCR padrão. Resultados: o método LAMP detectou ~18 cópias do gene N, em 30 min., demonstrando um limite de detecção semelhante ao obtido com o método padrão, em um tempo menor e uma concordância no RT-LAMP de 100% com os resultados. Conclusões: RT-LAMP é um método sensível, específico e rápido que pode ser usado para o diagnóstico da doença de COVID-19.

Possible Genetic Determinants of Response to Phenytoin in a Group of Colombian Patients With Epilepsy.

BACKGROUND: Epilepsy is a serious health problem worldwide. Despite the introduction of new antiepileptic drugs (AEDs) almost 30% of these patients have drug-resistant forms of the disease (DRE), with a significant increase in morbi-mortality. OBJECTIVE: Our objective was to assess the impact of some genetic factors and its possible association with treatment response and adverse drug reactions (ADRs) to phenytoin in 67 adult Colombian patients with epilepsy. METHODS: We conducted an analytical, observational, prospective cohort study to screen four polymorphisms in pharmacogenes: CYP2C9*2-c.430C>T (rs1799853), CYP2C9*3-c.1075A>C (rs1057910), ABCB1-c.3435T>C (rs1045642), and SCN1A-IVS5-91G>A (rs3812718), and their association with treatment response. Patients were followed for 1 year to confirm the existence of DRE (non-response) and ADRs using an active pharmacovigilance approach, followed by a consensus in order to classify ADRs according to causality, preventability, intensity and their relation with phenytoin dose, the duration of treatment, and susceptibility factors (DoTS methodology). RESULTS: A little more than half of evaluated subjects (52.2%) were non-responding to phenytoin. Regarding the genotype-phenotype correlation there was no association between polymorphisms of SCN1A and ABCB1 and DRE (non-response) (p = 0.34), and neither with CYP2C9 polymorphisms and the occurrence of ADRs (p = 0.42). We only found an association between polymorphic alleles of CYP2C9 and vestibular-cerebellar ADRs (dizziness, ataxia, diplopia, and dysarthria) (p = 0.001). Alleles CYP2C9*2-c.430C>T and CYP2C9*3-c.1075A>C were identified as susceptibility factors to ADRs in 24% of patients. CONCLUSIONS: Decreased function alleles of CYP2C9 were highly predictive of vestibular-cerebellar ADRs to phenytoin in our study (p = 0.001). However, the genetic variants CYP2C9*2-c.430C>T, CYP2C9*3-c.1075A>C, ABCB1-c.3435T>C, and SCN1A-IVS5-91G>A, were not associated with treatment response in our study.

Frequency of 14 genetic variants associated with breast cancer risk and treatment in a Colombian population / Frecuencia de 14 variantes genéticas asociadas con el riesgo y el tratamiento del cáncer de mama en una población colombiana

SUMMARY Introduction: Genetic variations have been related to risk and treatment efficacy. Many polymorphisms in breast cancer are known to influence susceptibility, breast cancer risk and treatment outcome. Polymorphisms vary among populations; therefore, local studies are necessary. Objective: To establish the frequency of polymorphisms associated to breast cancer risk and treatment pharmacogenomics in a group of Colombian individuals. Methods: Data from microarray profiles including gene polymorphisms associated with breast cancer treatment were retrospectively collected (Pathway Genomics®). The frequency of marker CYP2D6 rs3892097 and a breast cancer panel (CAS8 rs1045485, CHEK21100delC, ESR1 rs2046210, FGFR2 rs1219648, intergenic_2q35rs13387042, intergenic_8q24 rs13281615, MSRP30 rs10941679, TNRC9 rs3803662, AKAP9 rs6964587, LSP1 rs3817198, MAP3K1rs889312, PALBS1592 delT, ESR1 rs3020314) were studied. Results: Microarray data from 68 men and 92 women were analyzed. All polymorphisms were in Hardy-Weinberg equilibrium. Genotypic frequencies of CYP2D6 rs3892097 C/T, CAS8 rs1045485 G/C, and those of genes included in a breast cancer panel (CAS8 rs1045485, CHEK21100delC, FGFR2rs1219648, intergenic_2q35rs13387042, intergenic_8q24 rs13281615, MSRP30 rs10941679, TNRC9 rs3803662, LSP1 rs3817198, MAP3K1rs889312, PALBS1592 del T, ESR1rs3020314) did not significantly differ from previously published data. ESR1 rs2046210, with allele frequencies of C=0.04 and T=0.02, and AKAP9 rs6964587, with a frequency of A=0.005, were determined as rare. Conclusions: The population studied was not significantly different in allele distribution from previously reported data at HapMap. Genotypes in Colombian population are similar to other previously studied groups of healthy subjects. Extended use of genotyping pharmacogenetic polymorphisms will prevent toxicity and adverse effects in tamoxifen treatment (for example in CYP2D6 rs3892097). Therefore, therapeutic alternatives should be evaluated based on individual pharmacogenetic studies.

RESUMEN Introducción: las variaciones genéticas se han relacionado con el riesgo y la eicacia del tratamiento. Es sabido que muchos polimorfismos en cáncer de mama influyen en la susceptibilidad, el riesgo de cáncer y el resultado del tratamiento. Los polimorfismos varían entre las poblaciones, y por tanto, es necesario realizar estudios locales. Objetivo: establecer la frecuencia de polimorismos asociados al riesgo de cáncer de mama y la farmacogenómica del tratamiento en un grupo de individuos colombianos. Métodos: los datos de los perfiles de microarreglos, incluidos los polimorismos genéticos asociados con el tratamiento del cáncer de mama, se obtuvieron de forma retrospectiva (Pathway Genomics®). Se estudiaron la frecuencia del marcador CYP2D6 rs3892097 y un panel de cáncer de mama (CAS8 rs1045485, CHEK21100delC, ESR1 rs2046210,FGFR2 rs1219648, intergenic_2q35rs13387042, intergenic_8q24 rs13281615, MSRP30 rs10941679, TNRC9 rs3803662, AKAP9 rs6964587, LSP1 rs3817198, MAP3K1rs889312, PALBS1592 delT, ESR1 rs3020314). Resultados: se analizaron los datos de microarreglos de 68 hombres y 92 mujeres. Todos los polimorfismos siguieron el equilibrio Hardy-Weinberg. Las frecuencias fenotípicas de CYP2D6 rs3892097 C/T, CAS8 rs1045485 G/C, y aquellas de los genes incluidos en un panel de cáncer de mama (CAS8 rs1045485, CHEK21100delC, FGFR2rs1219648, intergenic_2q35rs13387042, intergenic_8q24 rs13281615, MSRP30 rs10941679, TNRC9 rs3803662, LSP1 rs3817198, MAP3K1rs889312, PALBS1592 del T, ESR1rs3020314) no difirieron significativamente de los datos publicados previamente. ESR1 rs2046210, con frecuencias alélicas de C = 0,04 y T = 0,02, y AKAP9 rs6964587, con una frecuencia de A = 0,005, se determinaron como raras.

Assembly and Analysis of Differential Transcriptome Responses of Hevea brasiliensis on Interaction with Microcyclus ulei.

Natural rubber (Hevea brasiliensis) is a tropical tree used commercially for the production of latex, from which 40,000 products are generated. The fungus Microcyclus ulei infects this tree, causing South American leaf blight (SALB) disease. This disease causes developmental delays and significant crop losses, thereby decreasing the production of latex. Currently several groups are working on obtaining clones of rubber tree with durable resistance to SALB through the use of extensive molecular biology techniques. In this study, we used a secondary clone that was resistant to M. ulei isolate GCL012. This clone, FX 3864 was obtained by crossing between clones PB 86 and B 38 (H. brasiliensis x H. brasiliensis). RNA-Seq high-throughput sequencing technology was used to analyze the differential expression of the FX 3864 clone transcriptome at 0 and 48 h post infection (hpi) with the M. ulei isolate GCL012. A total of 158,134,220 reads were assembled using the de novo assembly strategy to generate 90,775 contigs with an N50 of 1672. Using a reference-based assembly, 76,278 contigs were generated with an N50 of 1324. We identified 86 differentially expressed genes associated with the defense response of FX 3864 to GCL012. Seven putative genes members of the AP2/ERF ethylene (ET)-dependent superfamily were found to be down-regulated. An increase in salicylic acid (SA) was associated with the up-regulation of three genes involved in cell wall synthesis and remodeling, as well as in the down-regulation of the putative gene CPR5. The defense response of FX 3864 against the GCL012 isolate was associated with the antagonistic SA, ET and jasmonic acid (JA) pathways. These responses are characteristic of plant resistance to biotrophic pathogens.

Dinámica del ciclo del nitrógeno y fósforo en suelos / Nitrogen and phosphorus cycles dynamics in Soils

Los ciclos biogeoquímicos del fósforo (P) y del nitrógeno (N) son sistemas dinámicos que suceden a través de la biosfera, de cuyos mecanismos de transformación depende la disponibilidad de estos elementos para diferentes formas de vida. Se acepta que la diversidad y actividad de las poblaciones microbianas posee un papel crucial en la dinámica de los nutrientes y por tanto el desafío está en comprender, como responden a las condiciones ambientales. La actividad microbiana en los suelos depende tanto de la condición del recurso y como de sus propiedades químicas, físicas y biológicas. En este documento se describen conceptos que se han empleado para entender la dinámica del nitrógeno y el fósforo, con el propósito de discutir cómo las características de las diferentes fracciones orgánicas y minerales seleccionan el potencial biológico encargado del recambio de dichos elementos, panorama que actualmente se aborda a través de técnicas independientes del cultivo para estudiar las poblaciones microbianas in situ.

Biogeochemical cycle’s phosphorus (P) and nitrogen (N) are dynamic systems taking place through the biosphere, whose mechanisms of transformation depends on the availability of these elements for different forms of life. It is accepted that the diversity and activity of microbial populations plays a crucial role in nutrient dynamics and therefore the challenge is to understand how they respond to environmental conditions. Microbial activity in soils depends on both the resource condition and its chemical, physical and biological properties. Concepts described herein have been used to understand the nitrogen and phosphorus dynamics, with the aim to discuss how the characteristics of the different organic and mineral fractions select the biological potential responsible for the turnover of these elements, scenario currently addressed through cultivation-independent techniques to study microbial populations in situ.

Comparación de cuatro métodos de restauración del ADN en muestras de plasma y láminas de citología cérvico-uterina como una herramienta para mejorar la calidad de la muestra / Comparison of four methods of DNA restoration in samples from plasma and pap smears as a tool for better the samples

Objetivos: comparar cuatro métodos de restauración del ADN en plasma y láminas cérvico-uterinas como una herramienta para mejorar la calidad de la muestra. Métodos: a 20 muestras de plasma sanguíneo y 20 muestras de láminas citológicas, se les realizó aislamiento de ADN mediante kit comercial y fenol-cloroformo. A todas las muestras se les realizó un tratamiento pre-PCR con cuatro diferentes tipos de actividad de ADN polimerasa: 1. Exonucleasa y endonucleasa 5'-3'. 2. Exonucleasa 5'-3'. 3. Klenow, y 4. Klenow más ligasa. Los diferentes métodos se evaluaron mediante PCR en tiempo real con el gen ALU. Resultados: todos los métodos de restauración mejoran la calidad del ADN en los dos tipos de muestras. El método 3 mostró mejores resultados en plasma y en lámina, incrementando la concentración del ADN de 0,0022 ng/µL a 0,6474 ng/µL en láminas de citología y de 0,0039 ng/µL a 0,435 ng/µL en plasma sanguíneo. Conclusiones: ADN de las muestras de plasma y lámina al ser tratadas con un proceso de restauración aumenta la calidad del ADN en comparación a las muestras no tratadas.

Objetives: To compare four methods of restoration of DNA in plasma and PAP smears as a tool to improve the quality of the samples. Methods: 20 blood samples and 20 PAP smears samples, we performed DNA isolation by commercial kit and phenol-chloroform respectively. Then all samples underwent a pre-PCR treatment with four different types of activity DNA polymerase: 1. Exonuclease and endonuclease 5'-3'. 2. Exonuclease 5'-3'. 3. Klenow, and 4. Klenow more ligase. Different restoration methods were evaluated quantitatively by real-time PCR with gene ALU. Results: All restoration methods improve the quality of DNA in both types of samples. However, the 3th method showed better results in both plasma and PAP smears, increasing the concentration of DNA from 0.0022 ng/mL to 0.6474 ng/mL in PAP smears and 0.0039 ng/mL to 0.435 ng/mL in blood plasma. Conclusions: DNA from plasma samples and PAP smears to be treated with a restoration process increases the quality of DNA compared to untreated samples.

Genotipificación del virus de papiloma humano en mujeres con hallazgo citológico de lesión escamosa intraepitelial de bajo grado (lsil) o de significado indeterminado (asc-us) en Bogotá, Colombia / Genotiping human papillomavirus in patients with low-grade squamous intraepithelial lesion or atipycal squamous cells of uncertain significance (asc-us) in Bogotá, Colombia

El virus de papiloma humano (vph) es el principal factor de riesgo asociado al cáncer cervical, y es la causa de muerte más común por cáncer entre las mujeres en Colombia. Por tanto, crece el interés a nivel mundial y nacional por mejorar las estrategias de control y diagnóstico de la infección; incluyendo técnicas de diagnóstico molecular que identifiquen y diferencien tipos virales específicos para así tener mejor entendimiento de la dinámica del virus en la historia natural de la infección por vph. En el presente trabajo se detectó el vph en 363 pacientes diagnosticadas con lesiones asc-us o lsil en su citología, pertenecientes al programa de tamizaje de cáncer de cérvix de la eps Sanitas. Sólo a 302 de estas muestras se les pudo realizar genotipificación por Reverse Line Blot, de éstas el 20,5% (62/302 pacientes) fueron positivas para vph; los tipos virales de alto riesgo estuvieron presentes en el 82,2% y los de bajo riesgo, en el 17,8%. Por primera vez se realiza un acercamiento a la descripción de tipos virales específicos, encontrados en muestras con diagnóstico citológico de asc-us o lsil en Bogotá.

Human papillomavirus (hpv) is the principal risk factor associated with cervical cancer, the most common malignancy among women in Colombia. Therefore, a growing concern globally and nationally to improve strategies to control and diagnosis of infection, including molecular diagnostic techniques to identify and differentiate specific hpv types thus have a better understanding of the dynamics of the virus in history natural infection. In the present work was performed hpv detection and genotyping in 302 of 363 patients who normally attended the screening program of the eps Sanitas, and were subsequently diagnosed with asc-us lesions. We found hpv in 20.5% (62/302 patients) divided into 82.2% for high-risk viral types and 17.8% for low risk. For the first time was a description of specific viral types found in samples of asc-us in Bogotá.

Influencia del tratamiento de Petiveria alliacea en la expresión diferencial de genes en células tumorales / Differential gene expression in tumor cells induced by Petiveria alliacea treatment

El estudio del perfil de expresión génica en las células eucariotas se constituye como una herramienta importante en el entendimiento de las huellas moleculares generadas en respuesta a un estímulo farmacológico. A partir de Petiveria alliacea, una de las plantas colombianas con actividad antitumoral, se ha obtenido la fracción FAST 8 7:3, en la cual se han encontrado diferentes compuestos, como el trisulfuro de dibencilo, uno de los componentes antitumorales más potentes reportados para la planta. Esta fracción también posee actividad citotóxica sobre la línea de células tumorales K562 e induce cambios en el perfil de expresión de genes, que podrían estar relacionados de alguna forma con la actividad antitumoral tradicional reportada para esta planta. Esta actividad puede ser ejercida, en parte, por la presencia del trisulfuro de dibencilo y por la actividad de los otros componentes de la fracción. En este contexto, proponemos el uso del ADNc-AFLP como herramienta útil en la tamización del perfil de genes transcritos en las células tumorales y, también, como herramienta útil para el descubrimiento de nuevos fármacos antitumorales...

Abstract Gene expression profile in eukaryotic cells is a very useful tool to understand the molecular footprint responsible for the pharmacological response to a stimulus. In the present study a fraction named FAST 8 (7:3), obtained from Petiveria alliacea, was used as stimulus to track out the gene expression profile on K562 cell line. P. alliacea is a plant that grows in Colombia, and in traditional medicine is used for its anti-tumoral activity. Of the different compounds present in the fraction, dibenzyl trisulfide (DTS), is a compound described by previous reports to have anti-tumoral properties. The fraction exhibits cytotoxic activity over tumor cell line K562 inducing changes in gene expression profile. DTS might be in part responsible for the fraction activity, but the other compounds may also contribute to the biological response. Herein, we propose the use of cDNAAFLP as a useful tool for gene expression profile screening of tumoral cells and in the discovery of new anti-tumoral drugs...

DISEÑO DE OLIGONUCLEÓTIDOS PARA EL ESTUDIO DE GENES CELULOLÍTICOS Y SOLVENTOGÉNICOS EN CEPAS COLOMBIANAS DE Clostridiumsp. (CLOSTRIDIACEAE) / Oligonucleotide Probe Design for the Study of Cellulolytic and Solventogenic Genes in Colombian Clostridiumsp. strains (Clostridiaceae)

El objetivo de este estudio fue analizar las rutas metabólicas para la producción de solventes y degradación de celulosa en cepas colombianas promisorias del género Clostridium. Para ello se diseñaron sondas de hibridación que sirvieran para posteriores estudios de mejoramiento genético de las cepas. Se construyó la base de datos denominada MULTICLOST en Microsoft Access® con las secuencias de 485 genes involucrados en las rutas metabólicas arriba mencionadas, provenientes de 45 especies bacterianas y 10 especies fúngicas. Los genes fueron agrupados de acuerdo al tipo de enzima y a los dominios catalíticos o de unión a sustrato en el caso de las celulasas. Cada grupo se sometió a alineamiento múltiple en ClustalW 1.83 y con base en los resultados se crearon subgrupos de similitud mayor al 50%. Se localizaron secuencias conservadas de longitud mayor a 19 nucleótidos en GeneDoc 2.6.002 y sus valores termodinámicos fueron estimados con GeneRunner v3.05, mientras que la sensibilidad y especificidad fue verificada por búsquedas en GenBank usando BLASTN 2.2.8. En total se obtuvieron 94 secuencias conservadas con las siguientes características: longitud promedio de 24 nucleótidos, Tm promedio de 65,8 ºC y contenido de (G+C) entre 14,3 y 60,0%. Se determinó que ninguna de las sondas diseñadas forma estructuras secundarias estables con Tm superior a 36,1 ºC. De acuerdo a sus características y valores termodinámicos, todas las sondas podrían ser utilizadas en la construcción de un microarreglo o en reacciones de PCR para la identificación de regiones relevantes en el mejoramiento del proceso por ingeniería metabólica.

The goal of the present study was to analyze the metabolic pathways involved in solvent production and cellulose consumption by promising Colombian native strains of the genus Clostridium. Therefore a set of oligonucleotide probes was designed, with the aim of analyzing potential targets for genetic improvement of the Colombian strains. The database named MULTICLOST was created in Microsoft Access® using the sequences from 485 genes involved in solventogenesis, 1,3propanodiol production and cellulolysis from 45 bacterial and 10 fungal species. The genes were grouped according to their respective enzyme function and to the catalytic domain or the substrate binding domain in the case of cellulases. ClustalW 1.83 was used for multiple alignment of every group. Subgroups of sequences with more than 50% identity among themselves were created. Conserved sequences longer than 19 nucleotides were identified using GeneDoc 2.6.002 and their thermodynamic values were calculated with GeneRunner v3.05, while their sensitivity and specificity were verified by searching in GenBank with BLASTN 2.2.8. Ninetyfour conserved sequences were obtained with an average 24nucleotide length, 65.8ºC average Tm and a (G+C) content between 14.3% and 60.0%. None of these probes forms stable secondary structures at temperatures higher than 36.1ºC. According to the former results, all of the probes could be used in an oligonucleotide microarray or in PCR reactions for the identification of metabolic targets for improvement of the industrial process.

Genome analysis of thirteen Colombian clostridial strains by pulsed field gel electrophoresis

Pulsed field gel electrophoresis was used for estimating the size of the genome and evaluating the presence of megaplasmids in 13 native Colombian solventogenic Clostridium strains. DNA preparation and purification were optimised for obtaining differentiated restriction fragments in electrophoresis. Genomic DNA was digested with ApaI, Eco52I, SmaI and XhoI enzymes. Estimated genome size for native strains ranged from 4.0 to 4.2 mega base pairs. Larger sized plasmids were detected and the presence of genes related to megaplasmid pSOL1 was determined by polymerase chain reaction. adc gene region amplification suggested that genes related to solventogenesis in native strains may be located in an extra-chromosomal element. Determining genome size provides useful information aimed at enhancing native strains' solvent production.

Implementación de un método fluorométrico para evaluación de actividad anti transcriptasa reversa del virus VIH-1 / Implementation of a fluorometric method for the anti HIV-1 virus reverse transcriptase activity evaluation

Se implementó una prueba de tamizaje preliminar para evaluar la potencial inhibición ejercida por productos de origen natural y sintético sobre la actividad de la proteína Transcriptasa Reversa del virus VIH-1, en respuesta a la necesidad de disponer de un ensayo in vitro no radioactivo, relativamente rápido, que arroje resultados válidos, con costos moderados, bioseguro y de fácil acceso. Esta prueba se basa en la capacidad que tiene la proteína transcriptasa reversa viral para formar DNA de cadena sencilla (cDNA) a partir de RNA, utilizando deoxinucleótidos trifosfatados (dNTPs), proceso conocido como transcripción reversa. Para detectar la actividad de la proteína se realizaron ensayos fluorométricos in vitro, usando proteína recombinante sin purificar, y nucleótidos fluorescentemente marcados (Cy3-dCTP) como parte del sustrato. Las condiciones establecidas para la actividad de la proteína fueron 5µg/reacción de RNA total y 2µg/reacción de oligo-dT12-18, reflejadas en 43.6 por ciento de incorporación del nucleótido fluoromarcado